Desde 2005 o Ibama investe no programa de gestão documental para garantir o acesso à informação e agilidade no processo decisório e tornar mais eficaz as atividades finais e administrativas do órgão. O programa iniciou o tratamento da documentação remanescente dos órgãos extintos (Sema, Sudepe, Sudhevea, IBDF) que deram origem ao Ibama e aos documentos do Instituto, de acordo com as normas do Arquivo Nacional.
 
A partir do tratamento da documentação dos órgãos extintos, o Ibama elaborou a primeira listagem de eliminação de documentos destituídos de valor (administrativo e histórico) dos respectivos órgãos. Os documentos foram devidamente triturados e doados para uma cooperativa de reciclagem.

Em outubro de 2012 foi iniciado o tratamento dos documentos por uma empresa contratada; em 2013, o espaço designado para o arquivo central passou por ampla reforma e adequação, para acomodar os documentos devidamente tratados, bem como atender os usuários internos e externos com maior eficiência.

Em 2013, o Ibama implantou também o DocIbama, que permitiu a produção, classificação arquivística, organização da informação e arquivamento de modo eletrônico. Com a realização do tratamento e a implantação do sistema informatizado de gestão documental, já é possível observar maior celeridade no acesso à informação, agilizando o processo decisório do Ibama e de entidades jurídicas que acessam o sistema, permitindo assim maior transparência aos atos administrativos.

Para o diretor de Planejamento, Administração e Logística, Edmundo Filho, o sistema de gestão documental permite transparência, agilidade e confiabilidade no fornecimento de informações documentos e processos.