Etimologia: Alto – Adjetivo originado do latim "altus" e quer dizer elevado, excelso (AGC). Piquiri – De origem tupi "Piquiry" ... rio dos peixinhos. Segundo Gonçalves Dias o termo "Piquiri" vem de "pequira" ... pequeno, ainda novo, falando-se de animais, um cavalo "piquira". O mesmo autor relata que o professor Carlos Drumond apresenta a grafia "pikiri" em seu livro Contribuição do Boróro à Toponímia Brasílica, no entanto, o nome é de origem tupi e em hipótese alguma boróro.

Origem histórica: A primeira denominação da localidade foi Reconquista, nome dado pelas primeiras famílias que estabeleceram-se na região. Os primeiros moradores chegaram em 1952, atraídos pela qualidade do solo, onde plantaram café e sonhos.

O primeiro comerciante do povoado em formação foi João Enrique, em seguida os irmãos Volpato passaram a dedicar-se ao beneficiamento de madeira, enquanto que a Cafeeira Alto Piquiri fez história no lugar. As famílias pioneiras foram as de Altino de Campos, Luíz Ruaro, João Marques da Silveira, Nelson Rodrigues Barbosa, Tadahan Kiminamini, Fioravante Lucetti, Agenor Alves Bueno, Elias, João e Leonízio Volpato, e Luíz e Benedito de Araújo, Eutrópio Maciel de Andrade, João dos Santos e outras.

Em 11 de abril de 1958, pela Lei Estadual nº 3.638, foi criado o distrito administrativo, com denominação de Alto Piquiri e território pertencente a Cruzeiro do Oeste. A denominação Alto Piquiri é de origem geográfica, em referência ao Rio Piquiri, não estando, portanto, junto de sua nascente e sim próximo de sua foz, contrariando a regra básica das denominações "Alto", que se dá às cidades.

O município foi criado pela Lei nº 4.245, de 25 de julho de 1960, sancionada pelo Governador Moisés Lupyon. A instalação deu-se em 15 de novembro de 1961.