A colonização do território onde hoje se localiza o município de Nepomuceno teve início no século XVIII na fazenda Congonhal, obtida por sesmaria. O proprietário desta fazenda, o Capitão Mateus Luís Garcia, construiu uma capela em honra a São João Nepomuceno. No dia 6 de março de 1776, foi ali celebrada a primeira missa e realizado o primeiro batizado.

Segundo Silvestre Ferraz, a fundação de São João Nepomuceno de Lavras do Funil data de fins do século XVIII, sendo fundadores Francisco da Silva Teixeira, José Simões de Aguiar, Manoel Pereira de Carvalho, Cap. Matheus Luiz Garcia, e posteriormente Flávio Antônio de Morais, João Antônio Gomes, Alferes José Antônio de Lima e cap. Manoel Joaquim da Costa.

Em torno da capela formou-se o primeiro núcleo que deu origem ao Povoado de São João Nepomuceno, à medida que se fixavam novos agricultores, a região se desenvolvia a ponto de, em 1831, ser elevado a Distrito de paz (11 de setembro de 1831) e freguesia pela Lei Número 209, de 7 de abril de 1841.

O nome Nepomuceno procede de NepomuK, uma cidade de Boêmia, na Tchecoslováquia. Em 1383 foi São João Nepomuceno ali martirizado, por ordem do Rei Venceslau IV. É que o Santo lhe recusou manifestar os pecados da rainha Joana, sua esposa.

'Espraiando-se a fazenda do Congonhal, cruzamento das antigas estradas de passos a Formiga e Lavras, surgiu o Arraial de S. João Nepomuceno, incorporado logo à Paróquia de Lavras do Funil.'

Em 30 de agosto de 1911, Nepomuceno conseguiu sua emancipação política administrativa, estabelecendo-se como município, através da Lei Estadual, nº 556, de 30 de agosto de 1911, sancionada pelo Exmo. Sr. Presidente do Estado de Minas Gerais, Dr. Júlio Bueno Brandão.

Fonte: (adaptado) cidades.ibge.gov.br/brasil/mg/nepomuceno/histórico