Muitas são as versões que correm no município acerca da gênese da primeira parte deste topônimo. Segundo o advogado Antônio Giovani, estudioso local da língua tupi, o nome nasceria de taba, que significa aldeia. Ângelo Pazir, um antigo morador da cidade, já falecido, reivindicava que o topônimo Taboão era de sua autoria, pois ele e sua esposa teriam colocado uma tábua grande sobre o córrego Poá, onde os moradores costumavam se banhar e que hoje é a ponte João Santucci.

Para o músico Remo Prodoski, o nome deve ser atribuído a uma espécie de gramínea ribeirinha e de brejais, que os indígenas usavam para fins medicinais, conhecida por taboa. De acordo com os estudantes da escola Ruy Barbosa, que recolheram essas informações para uma gincana no colégio, havia, no século XIX, um campeão de truco, em cuja casa os tropeiros, vindos do sul, faziam parada e que era apelidado de Paulino do Taboão, nome que, por extensão, acabaria se impondo ao do lugar.

Numa escritura de 1900, o topônimo Taboão aparece para designar um sítio que Benjamim Branco de Andrade comprou de Rodolfo Beu, na estrada de M’boy, situado onde hoje é a altura do quilômetro 20 da BR-116, no atual bairro Vila Indiana, de São Paulo.

Conta-se ainda, e finalmente, que havia um artesão que trabalhava com tábuas e que mantinha uma pousada na baixada dos Cortes, onde, até fins do século XIX, os tropeiros faziam seu último pouso, antes de chegarem à capital. Como o tal artesão tinha um porte avantajado e, dado que trabalhava com tábuas, eis que o lugar teria assumido o apelido de Taboão.

Literalmente, pode ser ainda que Taboão signifique aldeia elevada, que se encontra em lugar alto; ou, por outra, aldeia redonda, circular, de taba – aldeia e pûã ou pûama – alto, elevado; ou ainda apûã – redondo, circular.

De qualquer modo, o da Serra foi acrescido ao nome quando o povoado de Taboão, existente como sítio na periferia de São Paulo, desde aproximadamente 1540, à margem da estrada de M’Boy, foi elevado a distrito, além da sua posição geográfica e, não menos, por influência de Itapecerica da Serra, a que o município em questão pertenceu até 18 de fevereiro de 1959.

Fonte: (livro) A origem dos nomes dos municípios paulistas, Enio Squeff e Helder Perri Ferreira, 2003, pgs. 280-281.