A lenda que originou o nome da cidade aludiria às qualidades terapêuticas das águas quentes do município: conta-se, assim, que uma índia, de nome Lindóia, teria curado seu pai, então enfermo, nas águas da região. Vem daí que o significado do nome Lindóia, para a prefeitura, seria água salubre, saudável, salitrosa ou água quente, sem que, no entanto, as informações disponíveis sobre a língua tupi abonem quaisquer dessas interpretações.

Tais apuros poderiam, em princípio, ser explicados por intermédio das muitas evoluções fonéticas pelas quais a palavra provavelmente passou. É sabido, a esse respeito, que no tupi, a língua indígena da qual se originou grande parte dos topônimos brasileiros (e, por isso, a suposição da origem), não há o fonema l. Certamente, este som se originaria de um r brando (o mesmo de caro) que, por não existir no português, como fonema inicial de uma palavra, acabou se transformando em l.

Percebe-se, por outro lado, que, em todas as interpretações citadas, o elemento água está presente. Isso porque se costuma acreditar que a sílaba inicial dessa palavra (Lin, mas, na verdade, como se disse, rin) seria, ou ao menos conteria, em si, a palavra tupi ´y, que significa rio, águas. A questão, contudo, se complica, já que o r (que acompanharia o vocábulo) é, em geral, um índice de relação entre um substantivo de segunda classe com um outro qualquer.

Para ficar mais claro: se quiséssemos dizer, em tupi, o pai do menino, diríamos: kumui r-uba (menino = kunumi e pai = uba). É desse r que se fala, ainda que não seja comum o seu uso como a palavra rio. A partir daí, entretanto, a origem da palavra Lindóia tende a se complicar ainda mais, já que, neste caso, ter-se-ia que admitir haver originalmente uma outra expressão fazendo composição com ´y.

Quanto ao restante do vocábulo, difícil também qualquer simplificação: ndóia, ou coisa que o valha, não significa absolutamente nada em tupi. Ou seja, Águas de Lindóia, que surgiu no município de Lindóia, constitui-se ainda num enigma, razão pela qual não é possível oferecer uma interpretação aceitável e honesta. Ficam, de qualquer maneira, abertas as discussões. A emancipação da cidade aconteceu em 30 de dezembro de 1953.

Fonte: (livro) A origem dos nomes dos municípios paulistas, Enio Squeff e Helder Perri Ferreira, 2003, pg. 37.