Não existe qualquer registro oficial a respeito do nome deste município, mas, a se crer na tradição e em conformidade com a prefeitura, duas histórias são relatadas. A primeira assevera que o nome Amparo nasceu como um espécie de milagre por ocasião de uma grande cheia do rio Camanducaia. Ameaçados pelas águas, os moradores do local, que se juntavam ao redor de uma capela dedicada a Nossa Senhora da Conceição, teriam invocado a proteção da Virgem para que, literalmente, os amparasse, o que de uma forma ou de outra acabou acontecendo com o fim das chuvas. Teria advindo daí o nome da localidade, pertencente, então como freguesia, ao hoje município de Bragança Paulista e dedicada, justamente a Nossa Senhora do Amparo.

Outra versão, porém, dá como certo que o topônimo Amparo, como simplificação do nome da virgem cultuada em Portugal, ter-se-ia dado para diferenciá-lo de outro, já que então – no início do século XX – o povoado venerava Nossa Senhora do Rosário. A mudança de padroeira, para o de Nossa Senhora do Amparo, atenderia, assim, à devoção dos moradores que era todos descendentes de portugueses.

Amparo emancipou-se em 14 de março de 1857.

Fonte: (livro) A origem dos nomes dos municípios paulistas, Enio Squeff e Helder Perri Ferreira, 2003, pg. 42.