Aparentemente, o topônimo se referiria a muitas plantações de batatas. Não há, porém, unanimidade quanto a essa interpretação. Segundo a prefeitura, o topônimo alude à entidade da mitologia tupi, ou seja, ao Boitatá (literalmente, coisa de fogo, do tupi, mba’e – coisa, e tatá – fogo, ainda que alguns acreditem que a palavra inicial fosse mboîa – cobra, o que resultaria em cobra de fogo).

E tudo se originaria, enfim, do folclore indígena. Pois embora atualmente a figura do Boitatá tenha um sentido negativo, como a cabra-cega do folclore infantil europeu, originalmente ela se referia a uma espécie de gênio protetor das matas. Por ter o domínio do fogo, por conter o fogo em si, só o Boitatá podia impedir que as chamas se espalhassem pela florestas. Por aí, portanto, Batatais nada teria a ver com  o conhecido tubérculo de origem, aliás, americana. Mas, como se disse, nem todos aceitam essa interpretação.

A possível data de origem da freguesia de Batatais asseveraria a tese contrária. De fato, o mais antigo registro que se tem de Batatais é de 1726, conforme os estudos de J. Machado Tambellini. A seguir a pesquisa deste historiador, em sua rota para Goiás, denominado caminho dos Guaianeses, onde descobriria minas de ouro, o famoso bandeirante Bartolomeu Bueno da Silva, cognominado o “Anhanguera”, teria passado, necessariamente, por Batatais. Assim, em 1814, existia menção explícita à freguesia de Senhor Bom Jesus de Batataes (então situada no território do município de Moji-Morim), nome que persistira até a criação da vila, em 1875, emancipada, agora, da Franca, quando já ostentava o atual topônimo de Batatais, simplesmente.

E é a propósito do passado de Batatais que o citado professor J. Machado Tambellini levanta a hipótese de que a região percorrida por Anhanguera poderia, quem sabe, ser um grande roçado de batatas, e que teria, inclusive, provido as tropas bandeiristas. Como argumento para sua ponderação, o estudioso cita o diário de Silva Braga, acompanhante de Anhanguera e que conta de 25 batatais encontrados, algures (não na região de Batatais, mas próximo dela), cujos tubérculos as “tinhão grandes e excellentes no gosto”.
Em suma, a origem do topônimo deste município é ainda uma questão em aberto. E isso, não obstante alguns documentos do século XVIII praticamente ratificaram o nome “Boitataes”, o que confirmaria a origem indígena do vocábulo.

Batatais emancipou-se em 14 de março de 1839.

Fonte: (livro) A origem dos nomes dos municípios paulistas, Enio Squeff e Helder Perri Ferreira, 2003, pg. 62.