A região norte-mineira onde está incrustado o município foi habitada por tribos indígenas, possivelmente, tupis sendo seus primitivos moradores. Contudo, o desbravamento e a ocupação do território ocorreram com a invasão dos brancos expulsando os aborígenes de suas terras e tomando posse do lugar sagrado do Pajé, levantaram um altar em louvor a Nossa Senhora da Conceição. Surgia assim um pequeno arraial, constituído pela casa grande da fazenda Pajeú, pela senzala e pelos colmados agregados e vaqueiros.

Novos colonizadores, entre os quais, Ciriaco Xavier Cruz, Tibúrcio José de Souza e Henrique Brito, fixaram residência na povoação, dedicando-se ao desenvolvimento da agricultura e da pecuária, fatores determinantes do progresso da comunidade até os dias atuais.

O município recebeu o topônimo atual em homenagem ao primeiro Juiz de Paz da Comuna, Coronel André Fernandes.

Elevado à categoria de município com a denominação de André Fernandes, pela lei estadual nº 2764, de 30/12/1962, desmembrado de Pedra Azul. Sede no antigo distrito de André Fernandes. Constituído do distrito sede. Instalado em 01/03/1963. Em divisão territorial datada de 1-VII-1983, o município é constituído do distrito sede. Alteração toponímica municipal, André Fernandes para Cachoeira de Pajeú alterado, pela lei estadual nº 9961, de 27/10/1989.

Fonte: (adaptado) cidades.ibge.gov.br/brasil/mg/cachoeira-de-pajeu/histórico