Originalmente, Cotia era uma povoação de beira de estrada, ponto de parada para os tropeiros que iam de São Paulo para o Sul, e vice-versa. O povoado foi fundado por volta de 1713, quando se construiu a capela de Nossa Senhora de Monte Serrat, em razão da transferência, por aquelas bandas, da família Camargo, devota da virgem e que abandonara a capital da Província, após uma contenda com uma outra família, a dos Pires.

O construtor da capela foi Estevão Lopes de Camargo e, o primeiro capelão, o padre Matheus de Lara Leão. Em 1723, a capela foi elevada à condição de freguesia e, no dia 2 de abril de 1856, o vice-presidente da Província de São Paulo, Antônio Roberto de Almeida, deu foros de vila ao lugar que, na República, pertenceu, como distrito, ao município de São Paulo, trocando seu nome para Cotia, que era também como se chamava a estrada à margem da qual a cidade nasceu e cujo nome, acredita-se, provém da sua sinuosidade, lembrando os rastros que o animalzinho cutia costuma deixar atrás de si. A cutia é um roedor da família dos dasiproctídeos, com sete espécies no território brasileiro; tem a cauda reduzida e as patas dianteiras bem mais curtas que as traseiras; também conhecida por acuchi, acouti e agoti.

Cotia emancipou-se em dois de abril de 1856.

Fonte: (livro) A origem dos nomes dos municípios paulistas, Enio Squeff e Helder Perri Ferreira, 2003, pg. 94.