Sobre este município, um dos mais antigos do Brasil, sabe-se que, já em 1526, suas terras eram exploradas com lavouras de cana-de-açúcar, já que, de Lisboa, cobravam-se impostos sobre a produção da região. Uma vila, porém, viria a se iniciar só em 1533, com a edificação de uma ermida de barro, no morro de Itaguaçu e na beira do rio Itanhaém.

A capelinha foi dedicada a Nossa Senhora da Conceição, para a reza e catequese dos índios carijós e tupiniquis, etnias a que a maioria da população ali residente pertencia. Oficializada em 1561, a vila de Conceição de Itanhaém, como se chamou, desempenhou papel relevante na estratégia colonialista portuguesa, uma vez que assegurou a paz com os índios, moradores mais próximos da sede da importante capitania de São Vicente e que se desenvolveu o quanto lhe coube nas terras do litoral sul numa época atormentada, sobretudo, pela luta entre certos grupos nativos e os colonizadores portugueses.

Do nome Itanhaém, duas são as versões que o explicam: a primeira diz que significa em tupi, literalmente, pedra que canta ou o canto da pedra. A segunda afirma que este topônimo adviria de itá (pedra) e nha’e (prato), o que resultaria em prato de pedra ou bacia de pedra, referência, no caso, a uma baía com muitas pedras. É uma possibilidade aceitável, uma vez que, assim não seriam necessários argumentos fonéticos que explicariam a evolução da palavra e talvez fosse mesmo, nesse sentido, que os índios usassem o vocábulo, para designar a atual baía de Santos.

Mas em relação ao atual município de Itanhaém, desmembrado de São Vicente, em abril de 1561, quando ganhou foros de vila, a prefeitura prefere a etimologia itá (pedra) e nhe’e (canto ou cantar, como a forma tupiniquim de nhe’eng), não só porque seus habitantes também a adotam, mas principalmente por um outro dado natural: o som que produz o vento ao passar pelas fendas das rochas que margeiam em grande quantidade a costa da região do litoral sul e, em particular, no trecho em que deságua o rio Itanhaém. Diga-se em favor desta versão, que os falantes contemporâneos do guarani também a consideram a mais viável.

Itanhaém emancipou-se em abril de 1561.

Fonte: (livro) A origem dos nomes dos municípios paulistas, Enio Squeff e Helder Perri Ferreira, 2003, pgs. 148-149.