Em julho de 1562, houve uma revolta de índios contra a presença dos jesuítas na região do que hoje é São Paulo, e que culminou com o ataque ao Colégio de Piratininga. O fato obrigou os padres a mudarem sua estratégia catequética, criando aldeias avançadas em alguns pontos do Planalto dos Campos de Piratininga. Com isso, pretendiam os jesuítas descentralizar o aldeamento da atual Praça da Sé. Era a forma de protegê-lo.

Assim, entre agosto e setembro de 1562, foram formadas as aldeias de Carapicuíba, São Miguel, Guarulhos, Embu, entre outras. Itapecerica foi fundada a 3 de setembro, com o seu atual nome, e sob a invocação de Nossa Senhora dos Prazeres de Itapecerica, que mais tarde, se tornará freguesia de Santo Amaro (então município independente de São Paulo), isso já em 1841. A condição de vila, Itapecerica a obteve em oito de maio de 1877.

A palavra Itapecerica advém do tupi e quer dizer, literalmente, pedra chata e escorregadia, laje escorregadia localizada na serra. O nome do município é formado por itá (pedra), peba (chato, achatado) e syryka (escorregar, escorregadio), e traduz uma característica que ainda hoje marca toda a região: como ela se situa sobre uma montanha rochosa, sua superfície, por causa do alto índice pluviométrico do planalto, não raro, se transforma num resvaladouro, principalmente em seu meio rural.

Itapecerica assumiu seu atual nome, com o acréscimo do determinativo “da Serra”, em 1944.

Fonte: (livro) A origem dos nomes dos municípios paulistas, Enio Squeff e Helder Perri Ferreira, 2003, pgs. 149-150.