O município de Itaquaquecetuba remonta a uma das 12 aldeias fundadas pelo padre jesuíta José de Anchieta, em sua longa permanência no Brasil. Seu ano de criação é 1560, e foi estabelecida na beira do rio Tietê para catequizar os guaianases.

Nas décadas de 10 e 20 do século XVII, entretanto, a aldeia ficou quase deserta, já que, por onde de Fernão Dias Paes, desejoso de ter um maior controle dos índios catequizados, a maior parte de sua população foi transferida para a aldeia de São Miguel, mais próxima a São Paulo e onde havia sido erguida uma nova capela.

A população recomeçaria a crescer apenas em 1624, quando o padre João Álvares, construtor da capela da Conceição de Guarulhos e também da de São Miguel, decidiu levantar em sua propriedade, localizada bem ao lado da aldeia de Itaquaquecetuba, um oratório em louvor a Nossa Senhora d’Ajuda, que em seguida tornar-se-ia capela. Este foi o marco inicial da povoação, que logo viria a se fixar em seu redor, com o nome, justamente, de Nossa Senhora da Conceição de Itaquaquecetuba, recuperando, assim, o topônimo do antigo aldeamento.

A denominação reduzida para Itaquaquecetuba nasceu, somente, no século XX, com a elevação do lugarejo à categoria de município, quando se separou de Mogi das Cruzes. A rigor, o topônimo significa ajuntamento ou reunião de taquaras-faca (uma espécie de taboca ou taquara com cujos ramos, cortantes, se faziam facas), e é formado pela composição de takûara (taquara, taboca), kysé (faca) e tyba (ajuntamento, reunião, abundância) e se refere a um imenso taquaral que existia na aldeia, no tempo de sua fundação, margeando os rios Tietê e Tipóia. O i parece que é uma prefixação arbitrária, isto é, não vem do tupi, e talvez tenha sido motivado pela grande quantidade de topônimos formados pela palavra pedra em tupi, que é itá.

Itaquaquecetuba emancipou-se em 30 de dezembro de 1953.

Fonte: (livro) A origem dos nomes dos municípios paulistas, Enio Squeff e Helder Perri Ferreira, 2003, pgs. 153-154.