Jacareí foi fundado em território pertencente a Mogi das Cruzes, e sua origem situa-se num ponto de pouso dos viajantes que iam para a região do ouro em Minas Gerais. A vila foi estabelecida em 1653 com a construção da capela que lhe deu o nome, de Nossa Senhora da Conceição da Paraíba, que era, respectivamente, a denominação da padroeira e do rio em cuja margem esquerda o povoado se fixou.

O lugarejo sobreviveu durante certo tempo do pequeno comércio que se fazia com os tropeiros, mas, como ocorreu com todas as cidades do vale do Paraíba, seu desenvolvimento, de fato, se daria no século XIX, com a cultura do café.

Não se sabe bem quando o nome Jacareí substitui o antigo, visto que não existe nenhum diploma legal que tenha alterado a denominação oficial do município. Já em 1710, porém, o lugar é referido como Vila do Jacarey. É como também a localidade apareceu no livro Cultura e Opulência do Brasil, de André João Antonil, e onde se substitui a denominação provisória de Vila Paraíba, que o então povoado chegou a ostentar logo no começo do século XVIII.

Jacareí significa, em tupi, rio dos jacarés (nome dado a vários répteis da família dos crocodilídeos) e, na falta deu um curso d’água chamado Jacareí, acredita-se ter sido esta a designação do próprio Paraíba, que, no trecho que corta a cidade, deveria abrigar, em suas margens, muitos exemplares desse réptil, à época, bastante comum em todo o Estado.

O topônimo é formado pela composição de îakaré (jacaré) e ‘y (rio, águas). Esta etimologia não é, entretanto, a proposta pelo município, que se baseou na pesquisa do professor João Mendes de Almeida. Para este autor, Jacareí seria, literalmente, “rio de esquina e volta desnecessária”, em referência à sinuosidade do Paraíba, e viria de ’y agûa yerê ei – uma interpretação que, guardado todo o respeito, não merece ser discutida.

Jacareí emancipou-se em 1653.

Fonte: (livro) A origem dos nomes dos municípios paulistas, Enio Squeff e Helder Perri Ferreira, 2003, pg. 162.