Rio dos jundiás, designação comum dada a vários tipos de bagres e, mais especificamente, ao de peito dourado, também conhecido por nhandiá e jandiá (de îundi’a – jundiá e ‘y – rio, água). Dos índios que nomearam o rio e que, originalmente, habitavam a região, pouco se sabe, a não ser que pertenciam à nação tupi-guarani e que começaram a ser expulsos ou exterminado em 1626, quando a primeira tropa de bandeirantes passou pelo rio Jundiaí.

Foi, de qualquer modo, às margens desse rio que chegaram, por volta do ano de 1639, Rafael de Oliveira e Petrolina Antunes, ambos fugidos de São Paulo dos Campos de Piratininga por “crime de bandeirismo”, ou seja, por incursões predatórias não autorizadas pela coroa portuguesa ao Interior. Ali eles se estabeleceriam, provavelmente, onde é hoje o Jardim Hortolândia e, em 1651, terminaram de erigir no espigão do lugar (ou seja, em seu ponto mais alto) uma capela sob o orago de Nossa Senhora do Desterro, bem apropriado, aliás, às condições de seus pioneiros, no período.

À volta desta construção e do rio Jundiaí é que o povoado, provavelmente amestiçado, se desenvolveu, já no século XVIII, e nas pegadas das tropas de comércio de mantimentos e do ouro. Mas seria graças à cafeicultura e à chegada da estrada de ferro no século XIX, além das diversas indústrias que no século XX se instalaram na região, que Jundiaí viria a encontrar seu fastígio.

Antes de se emancipar em 14 de dezembro de 1655, Jundiaí pertenceu à jurisdição do atual município de Santana de Parnaíba.

Fonte: (livro) A origem dos nomes dos municípios paulistas, Enio Squeff e Helder Perri Ferreira, 2003, pg. 168.