Teve sua origem no século XVIII, no ano de 1734, com a chegada de imigrantes portugueses nessa região à procura de ouro. Dentre esses portugueses, Manoel Ferraz de Araújo estabeleceu-se no local com sua mineração, iniciativa que deu origem ao Arraial de São Luiz, edificado no topo da Serra pelas mãos dos escravos, cerca de quarenta mil, trazidos por esses desbravadores.

Em 1735, chegou ao arraial uma imagem de Nossa Senhora da Natividade, que veio de barco pelo Rio Tocantins e depois em ombros escravos até o Arraial. Para garantirem sua permanência no local, os moradores tiveram que enfrentar ataques dos índios. Essa imagem é a mesma venerada nos dias de hoje na igreja Matriz de Natividade, uma das mais antigas do Estado, datada de 1759.

No início da colonização, toda uma tribo da etnia Xavante foi aniquilada por se ter negado à escravidão determinada pelos portugueses, que possuíam escravos trazidos da África para trabalharem na extração do ouro.

Segundo a tradição oral, entre portugueses e escravos africanos, havia quarenta mil trabalhadores nas minas: conta-se também que caravanas de mais de cem burros com suas bruacas carregadas com 'arrobas de ouro' seguiam de Natividade para Salvador, na Bahia, e dali para Portugal. Com o declínio da mineração, desceram a serra para desenvolver a agricultura e o comércio.

Esses portugueses e missionários que chegaram para se dedicar à extração do ouro e à catequese deixaram fortes sinais. Longe de suas famílias e do alto clero, muitos deles tiveram filhos com as escravas que traziam, oferecendo-lhes carta de alforria para que seus filhos nascessem livres. Os escravos, por sua vez, começaram a erguer o que seria a igreja de Nossa Senhora do Rosário, construída em pedra canga. A obra foi paralisada por volta de 1817 por falta de recursos, pois os escravos não aceitavam ofertas, em dinheiro, dos brancos para concluí-la. Suas ruínas são hoje um dos principais cartões postais do Estado.

Entre os anos de 1809 e 1815, o Arraial de São Luiz, hoje Natividade, foi sede provisória do que seria a Comarca de São João das Duas Barras, época em que o território de Goiás foi dividido em duas comarcas, conforme Alvará.

Nesse alvará, datado de 18 de março de 1809, no Rio de Janeiro, o príncipe regente D. João VI criou a Comarca de São João das Duas Barras, ainda em Natividade. Duas Barras seria instalada nas proximidades da confluência. Em 1815, a sede da Comarca foi transferida para São João da Palma, hoje Paranã.

Em 1821, Natividade volta a ser sede administrativa do Norte Goiano, agora na condição de Governo Provisório.

Fonte: cidades.ibge.gov.br/brasil/to/natividade/histórico