No local, aliás, já havia um povoado, que, é claro, começou a se organizar melhor em torno da ermida e já sob o nome de São José de Pindamonhangaba. Conta-se, entretanto, que antes da chegada dos irmãos Leme, já existia uma outra capela, construída pelo padre João de Faria Filho, em 1643, e bem próxima da margem direita do rio Paraíba.

Era a ermida de Nossa Senhora do Bom Sucesso, padroeira que determinaria, em 1705, uma modificação no nome da vila a que, então, o arraial de São José de Pindamonhangaba seria elevado: ou seja, o lugarejo alterou seu nome de São José de Pindamonhangaba para vila de Nossa Senhora do Bom Sucesso de Pindamonhangaba.

A redução para Pindamonhangaba, simplesmente, ocorreu em 1849, no ato em que foi concedida à então vila foros de cidade. Em tupi, rigorosamente, Pindamonhangaba significa o lugar em que se fazem anzóis, onde os anzóis são feitos.

Duas versões explicam o motivo do nome: a primeira garante que se tratava da existência, em grande quantidade e no trecho que atravessa a cidade, às margens do Paraíba, de um tipo de palmeira, talvez o macá, com o espinho da qual se fazia a pua da lança de pescar; a outra versão assevera que se tratava não de um palmeiral, mas de um taquaral, que servia de matéria-prima para a haste (não a pua) das lanças e flechas, usadas igualmente nas pescarias. De qualquer maneira, a palavra viria de pindá (anzol) –monhang (fazer) – aba (circunstância; lugar).

Pindamonhangaba emancipou-se em 10 de julho de 1705.