O município deriva das terras que Antônio Manuel de Mendonça, governador e capitão-general da capitania de São Paulo, reservou aos jesuítas, para a catequese dos índios puris, à época com suas aldeias entre o rio Paraíba e os ribeirões das Cruzes e Entupido, no extremo do Vale, em território da então vila de Lorena.

O ano era 1801 e, como de praxe, procedeu-se, primeiramente, ao erguimento de uma cruz, a que se sucedeu a construção de uma capela, sob a invocação de São João Batista de Queluz, nome por que passou a ser conhecida a aldeia dos jesuítas.

Duas interpretações são correntes para  a origem para a origem do nome do povoado que, em 1816, foi freguesia do município de Areias, antes de sua emancipação, como vila, em quatro de março de 1842: uma afirma que queluz era como os jesuítas diziam ouvir os índios puris pronunciarem a palavra cruz; a outra assevera que Antônio Manuel de Mendonça teria sido o autor do topônimo, e como referência ao castelo de Queluz, nas redondezas de Lisboa, no qual havia nascido, três anos antes, o filho primogênito de D. João VI, o príncipe da coroa portuguesa, e que viria a ser o primeiro imperador do Brasil, D. Pedro I. Na verdade, as duas interpretações parece que se completam.

Fonte: (livro) A origem dos nomes dos municípios paulistas, Enio Squeff e Helder Perri Ferreira, 2003, pg. 236.