Por volta da metade do século passado, já as terras que hoje constituem o município de Santana do Deserto, eram ocupadas por Fazendeiros, que, oriundos de terras vizinhas, dedicavam a cultura de café e a criação de gado bovino. Quando em 1853, era erguida a capela que tinha por protetora a Santa que deu o nome ao então ‘Distrito de Paz de Santana do Deserto’, ao lado do seu fundador, o capitão Cândido Ferreira da Fonseca, já outros fazendeiros e agricultores ocupavam a região. Duas importantes Fazendas situavam na região: A Fazenda de Santana e a Fazenda do Deserto. Formado o Distrito, a princípio, com terras das duas Fazendas, dando origem ao topônimo de Santana do Deserto.

A ocupação do território, hoje compreendido nos limites do município, tem seus fatores determinantes intimamente ligado à história dos municípios vizinhos, pois destes saíram os primeiros ocupantes e moradores da região. A necessidade de novas terras para o cultivo de café e para o pastoreio do gado, levaram para a região muitos agricultores e criadores, que antes de meros aventureiros, eram prósperos ruralistas de outras terras. Entre outros, destacam-se o Barão de Juiz de Fora, José Machado da Costa e Leandro José Fraga.

O Distrito de Paz de Santana do Deserto foi criado pela Lei provincial nº 876 de 04/06/1858, originado da Capela do mesmo nome, pertencente à freguesia de Simão Pereira, comarca de Barbacena. Mais tarde, em 13/08/1889, criou-se pela Lei nº 3.720, a freguesia e Distrito de Santana do Deserto; pela Lei nº 2 de 14/09/1891, confirmou-se a criação do Distrito. Em 13/08/1889, foi a Distrito elevado à Paróquia, pertencente a Juiz de Fora. A Paróquia instituída canonicamente em 24/04/1890, teve como primeiro vigário o padre Marcelino José Ferreira.

A Lei Estadual nº 843 de 07/09/1923 desmembrou o distrito do Município de Juiz de Fora, integrando-o na formação do novo Município de Matias Barbosa. Pela Lei Estadual nº 1039 de 12/12/1953, foi criado o Município de Santana do Deserto, instalado em 01/01/1954, constituído por um único Distrito, ficando, embora desmembrado do Município de Matias Barbosa, subordinado aquela comarca no que se refere ao Judiciário.

Fonte: cidades.ibge.gov.br/brasil/mg/santana-do-deserto/historico