Com um nome genérico que, aparentemente, abarca a totalidade dos patronos de todos os municípios, talvez seja mais ou menos natural que a origem do topônimo Santos tenha, pelo menos, três explicações.

Assim, a primeira seria de que a denominação adviria do Hospital de Todos os Santos, da Irmandade da Santa Casa de Misericórdia, fundada por Brás Cubas, no longínquo ano de 1543.

Há, porém, quem busque essa gênese a partir de Francisco Martim Afonso de Souza (1500-1571). Teria nascido do governador português da Capitania de São Vicente a denominação que, a seu turno, seria apenas a repetição, no Novo Mundo, do nome de um dos portos de Lisboa, à beira do rio Tejo.

Mas há uma terceira versão, segundo a qual o nome do município deve se atribuído ao navegador espanhol João Dias de Solis, o primeiro europeu a navegar o rio da Prata e que, em 1515, como escreveu em seu relatório, teria batizado, na altura de 23º e ¼ da latitude Sul (e que corresponderia ao território do município), um rio a que denominou “Santos Inocentes” – numa referência ao dia da matança das crianças, perpetrada por Herodes, no primeiro ano de nossa Era, conforme a tradição e o calendário cristãos.

Seja qual for a origem do topônimo, uma coisa é certa: não será senão depois de 1545, quando se torna vila, que o nome se consagrará e, assim mesmo, como um porto pertencente a São Vicente. A esse respeito, o povoado seria também conhecido, respectivamente, como Enguaguaçu, mais tarde como Porto de São Vicente, Porto de Santos, para assumir a sua atual denominação, e, aí, de Santos, simplesmente, em 1839, quando recebeu foros de cidade.

Sua emancipação deu-se em 19 de janeiro de 1545.

Fonte: (livro) A origem dos nomes dos municípios paulistas, Enio Squeff e Helder Perri Ferreira, 2003, pgs. 261-262.