Taquaral, ajuntamento, abundância de uma espécie de taquara (o ubá, a candiubá) com a qual os índios faziam suas flechas. O topônimo é formado pela composição das palavras u’uba (o tipo de taquara e também o vocábulo que designa, em tupi, a flecha) e tyba (ajuntamento, abundância, reunião).

Há quem diga, por outro lado – e essa é a explicação adotada pela cidade – que Ubatuba provenha de ubá-tyba, que significaria ajuntamento ou reunião de canoas (ou ubá, que, por sua vez, teria se originado de yba, explicando-se o deslocamento do acento tônico pela influência da taquara ubá), ou simplesmente porto. Enfim, uma questão em aberto.

Quanto ao topônimo em si, porém, pode-se afirmar, de qualquer modo, que teria se originado da aldeia tupinambá de que o famoso cacique Cunhambebe era chefe. A aldeia, muito provavelmente, não ficava no lugar onde se encontra hoje a cidade de Ubatuba.

Ao que se sabe, Ubatuba se localizaria um pouco mais ao norte, talvez na praia da Fazenda, mas a sua importância foi tanta (como atestam os relatos de Anchieta e Hans Staden, por exemplo), que seu nome acabou por determinar o da nova povoação que, no século XVII, viria a se estabelecer por ali.

Antes de receber a sua atual denominação, Ubatuba chegou a ter o extenso nome de Vila Nova da Exaltação da Santa Cruz do Salvador de Ubatuba. Sua emancipação deu-se em 28 de outubro de 1637.

Fonte: (livro) A origem dos nomes dos municípios paulistas, Enio Squeff e Helder Perri Ferreira, 2003, pg. 296.